数据非依赖型采集模式(Data-Independent Acquisition， DIA)逐渐崭露头角。相较于 DDA 数据采集模式在一级质谱中每个时间窗口采集较高的有限肽段离子(通常是 TOP20)进入二级质谱进行碎裂分析。DIA 将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口，高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂及检测，从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息。
蛋白提取〉酶解消化>肽段分级〉DDA模式〉DIA模式〉定性定量〉数据分析
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