特殊医学用途婴儿配方食品与婴幼儿配方食品的相同点是：均为以碳水化合物、蛋白质、脂肪、维生素、矿物质等营养素为主要原料，按照目标人群营养需要量和对应的国家标准要求，进行专门配方、生产的特殊食品。
特殊医学用途婴儿配方食品与婴幼儿配方食品两者之间也存在差异。婴幼儿配方食品是适用于正常婴幼儿食用，其能量和营养成分能满足0-6月龄婴儿正常营养需要及6月龄以上较大婴儿和幼儿部分营养需求的配方食品。而特殊医学用途婴儿配方食品的必需成分参照正常足月婴儿营养需求制定。但由于特殊医学状况婴儿的能量、营养素需求与正常足月婴儿相比有较大差别，特殊医学用途婴儿配方食品的能量、营养成分及含量以食品安全国家标准为基础，可以根据患有特殊紊乱、疾病或医疗状况婴儿的特殊需求进行适当调整，以满足特殊医学状况婴儿的营养需求。如为满足追赶生长的营养需求，早产/低出生体重婴儿配方食品中能量、蛋白质以及一些维生素和矿物质的含量应明显高于足月儿配方食品。
两类食品的食品原料、食品添加剂等要求均需要符合《食品安全法》《食品安全国家标准 食品添加剂使用标准》（GB 2760）《食品安全国家标准 食品营养强化剂使用标准》（GB 14880）等食品安全国家标准和（或）国务院卫生行政部门公告。婴幼儿配方乳粉使用的原料和添加剂还应当符合《婴幼儿配方乳粉产品配方注册管理办法》的相关规定，特殊医学用途婴儿配方食品使用的原料和添加剂应当符合《特殊医学用途配方食品注册管理办法》及其配套文件的相关规定。同时，特殊医学用途婴儿配方食品在选择原料和添加剂时，应当充分考虑产品适用人群的特殊医学状况，如针对氨基酸代谢障碍婴儿，配方中不含或仅含有少量与代谢障碍有关的氨基酸，其他的氨基酸组成和含量可根据氨基酸代谢障碍做适当调整。
婴幼儿配方食品是广大不能母乳喂养或母乳不足婴幼儿的主要能量和营养素的来源，尤其对6月龄以下人工喂养婴儿是其能量和营养素的**来源。适用于0月龄-12月龄的特殊医学用途婴儿配方食品是一些特殊体质或疾病宝宝的重要“口粮”，如乳糖不耐受婴儿、食物蛋白过敏婴儿、早产儿以及苯丙酮尿症婴儿等。这些儿童需要针对性的特殊医学用途配方食品方可满足营养需要，例如苯丙酮尿症是我国新生儿普遍筛查一种疾病，患儿由于体内缺少代谢苯丙氨酸的酶，会导致苯丙氨酸积累，损伤神经发育，造成智力残疾，若及早发现并给予不含苯丙氨酸的特殊医学用途配方食品，就可以避免智力损伤，正常成长。婴儿是*脆弱的人群，特殊医学状况婴儿更需要特别关注。
婴幼儿配方食品适用于正常婴幼儿食用，一般按适用月龄分为三类：一是婴儿配方食品，适用于0-6月龄正常婴儿食用，其能量和营养成分能够满足该阶段婴儿的正常需求，标为“1段”。二是较大婴儿配方食品，适于6-12月龄较大婴儿食用，其营养成分只能满足正常较大婴儿全部营养需要的一部分，标为“2段”。三是幼儿配方食品，适于12-36月龄幼儿食用，其营养成分只能满足正常幼儿的部分营养需要，标为“3段”。
特殊医学用途婴儿配方食品是为满足特殊医学状况婴儿的营养需求而设计制成的，适于0-12月龄，包括适用于乳糖不耐受婴儿的无乳糖配方或低乳糖配方、适用于乳蛋白过敏高风险婴儿的乳蛋白部分水解配方、适用于食物蛋白过敏婴儿的乳蛋白深度水解配方或氨基酸配方、适用于早产/低出生体重儿的早产/低出生体重婴儿配方、适用于氨基酸代谢障碍婴儿的氨基酸代谢障碍配方、适用于早产/低出生体重儿的母乳营养补充剂。
