《办法》明确，实行收获粮食质量安全监测制度、库存粮食质量安全监测制度。粮食质量安全风险监测中发现粮食污染情况，各级粮食行政管理部门按照权限和属地的原则，在同级人民政府的领导下，依照超标粮食处置管理办法进行处理，严禁污染粮食流入口粮市场。
粮食经营者应当严格执行粮食质量标准和食品安全标准，应具有与经营粮食的品种、数量、质量相适应的收购、储存场所，保持场所环境整洁，并与有毒有害场所以及其他污染源保持安全距离；具有与经营的粮食品种、数量相适应的仓储设施条件，仓储设施应当符合国家和行业相关标准与技术规范的要求；运输粮食的车（船、器具应当完好，并保持清洁，非专用车（船应有铺垫物和防潮设备，铺垫物、包装材料应符合有关要求；粮食经营者使用的检验仪器设备属于计量器具的，应当依照《中华人民共和国计量法》进行检定。
《办法》指出，禁止五类粮食作为口粮销售：真菌毒素、 农药残留、重金属以及其他危害人体健康的污染物质含量不符合食品安全标准的；霉变、色泽气味异常的；直接拌有农药、混有农药残渣或者含有国家禁止使用的化学物质的；被包装材料、容器、运输工具等污染的；其他法律、法规或规章以及政策明确规定不得作为口粮的。
粮食经营者收购粮食，必须按照粮食质量标准和食品安全标准及有关规定，对相关粮食质量安全项目进行检验。应当在收购场所醒目位置公布收购价目表，标明收购粮食的品种、等级、计价单位和收购价格等有关内容；杂质超标、水分超过安全储存限量标准的粮食，应当整理达标后入库；收购入库的地方储备粮应符合《海南省地方储备入库质量验收标准》要求；粮食中重金属、真菌毒素、农药残留等含量超过食品安全国家标准限量的，应当单独存放，按照超标粮食处置管理办法的规定处置；不同收获年份的粮食不得混存；鼓励对不同等级和品质的粮食单收、单存；粮食不得与可能对粮食产生污染的有害物质混存；粮食入库完成后，需分仓综合检验，建立质量档案，并在仓内显着位置明示各项质量指标，储备粮还应明示储存品质指标。
运输粮食应当严防发生污染、潮湿、霉变发热等质量安全事故；不得使用被污染的运输工具或者包装材料运输粮食；不得与有毒有害物质混装运输；未经清洗、消毒的容器，不得用于运输和储存食用植物油。
从事食用粮食加工的经营者，应当具有保证粮食质量安全必备的加工条件，不得使用发霉变质的原粮、副产品进行加工，不得违反规定使用添加剂，不得使用不符合质量安全标准的包装材料，不得有影响粮食质量安全的其他行为。
