《指导意见》提出，“十三五”期间将积*推进传统主食及中式菜肴工业化、规模化生产，深入发掘地方特色食品和中华传统食品。支持发展养生保健食品，研究开发功能性蛋白、功能性膳食纤维、功能性糖原、功能性油脂、益生菌类、生物活性肽等保健和健康食品，同时一并开展应用示范。
为提升产品品质，《指导意见》中提到，未来将进一步健全标准体系，加快推进食品安全国家标准的清理整合，开展重点品种和领域的标准制（修订，推动食品添加剂等标准与国际标准接轨；鼓励地方根据实际需要完善地方特色食品标准；强化食品生产经营者主体责任，推动建立自身食品安全制度规范；引导企业建立食品安全可追溯制度；建立健全食品安全诚信自律制度，探索建立食品工业企业诚信档案等。
在优化产业结构，促进转型升级的大目标下，推动特色食品加工示范基地成为主要任务之一。在原料资源富集地区，选择一批已初具规模、地方特色突出的食品产业园区，以知名品牌和龙头企业为**，开展集食品研发创新、检测认证、包装印刷、冷链物流、人才培训、工业旅游、集中供热、污水集中处理等为一体的现代食品工业示范基地建设，提高基础设施和公共服务水平，使关联企业集聚发展、土地集约使用、产品质量集中监管，促进食品产业转型升级。
《指导意见》指出，未来还将加强产业链建设。支持骨干食品企业延伸产业链条，推进原料生产、加工物流、市场营销等环节融合发展。鼓励食品企业发展订单农业，推进原料专业化、标准化、规模化、优质化生产，建立稳定的食品原料生产基地。健全食品冷链物流建设和运行标准，提高冷链物流效率和水平。
在科技运用方面，加快工业云、大数据、物联网等新一代信息技术在食品工业研发设计、生产制造、流通消费等领域的应用。加快推进个性化定制和柔性化制造，鼓励重点行业企业建设数字化车间，开展食品制造智能工厂建设试点示范。同时，也要推动食品工业与教育文化、健康养生深度融合，鼓励发展食品工业旅游、制造工艺体验、产品设计创意等新业态。
此外，《指导意见》中特别提到，要推进绿色制造。探索资源节约和环境友好的食品工业可持续发展模式，支持食品加工园区的循环化改造，引导企业建设绿色工厂，加快应用节水、节能、节粮等高效节能环保技术装备。强化资源循环利用，鼓励企业加强副产物二次开发利用，提高资源综合利用水平。严格落实国家“去产能”有关政策，依法加快淘汰污染严重、能耗水耗超标的落后产能。
《指导意见》中明确指出，世界经济复苏乏力，食品跨国集团加快全球布局，对我国食品产业发展带来一定影响和挑战。国内人力、土地、环境资源保护等综合成本不断上升，食品工业保持高速发展难度加大。随着消费结构升级，消费者对食品的营养与健康要求更高，品牌意识不断增强，食品工业发展模式将从量的扩张向质的提升转变。
