与旧标准相比，新 国标除在适用范围、术语和定义方面进行修改外，重点对糕点、面包的理化指标及微生物限量做了修改。在污染物限量方面，由原来的标准内订立修改为按照GB2762执行，对比之下，新标准取消了总砷的限量要求；在真菌毒素方面，取消了原标准中对于黄曲霉毒素B1的限量要求；在理化指标方面，明确了酸价和过氧化值指标仅适用于配料中添加油脂的产品，针对性更强，更加科学。微生物指标中的菌落总数以及大肠菌群的采样方式修改为三级采样，限量要求不再区分冷加工和热加工，且明确了菌落总数和大肠菌群的要求不适用于限制现售的产品，以及含有未熟制的发酵配料或新鲜水果蔬菜的产品，霉菌不适用于添加了霉菌成熟干酪的产品，更加完善。致病菌限量按照GB29921执行。
江苏吴江检验检疫局提醒相关各生产企业，新标准实施后，应严格按照新标准的要求进行检验，尤其是对于微生物指标，企业应由原来的常规取样方式更改为三级采样，大肠菌群的检测方法由原来的MPN计数法改为平板计数法，并修改相应作业文件，在检验方面顺利完成新旧标准的更替，确保产品符合新食品安全国家标准要求。
