在源头边境查验管理部分，“食药署”已针对港埠边境进口报验项目为非基因改造的大豆及玉米等，在输入时应检附产品或原料为非基因改造的证明文件，包括IP （Identity preservation证明、或其他可证明非基改的官方文件、或检测项目涵盖所有已通过查验登记基改品系的检验报告，并依风险管控原则针对抽中批进行检验，以强化非基因改造大豆及玉米的进口管理。另如系属基因改造产品，则应检附出口国厂商出具的声明文件，载明该批货物所含转殖品系的国际统一编号或通用代号，文件上叙明“This shipment of soybeans may contain genetically modified event as following…”，或相同意义的说明，文件上还须载明可与该批货物链接的信息。
在后市场监测管理部分，“食药署”依据境内基因改造食品标示制度的实施，进行年度“台湾市售基因改造食品标示调查”，每年监测约250件市售产品，自2003年（不合格率为57.0%持续监测至2014年，不合格率已降至7.1%，不符合标示规定的市售食品，皆函请辖区卫生局依法处办并辅导业者进行正确标示。另为落实源头管理，“食药署”于2016年度已责成地方政府卫生局，针对境内34家资本额3,000万以上大豆油脂及酱油酿造工厂，针对其黄豆来源及产品标示共查察161项大豆油脂及酱油产品，产品标示皆符合规定。此外，“食药署”于2016年度也已规划办理“机关学校福利社及午餐膳业稽查项目”、“餐盒食品工厂HACCP稽查项目”及“豆制品制造业稽查项目”，持续针对校园午餐及食材部分进行基因改造食品标示及来源查核，以保障消费大众权益。
“食药署”提醒业者，基因改造食品标示的新制已实施，如经查获产品未依规定标示，依食品安全卫生管理法第47条规定，处新台币3万至300万元罚款；如标示有不实、夸张或易生误解等违反同法第28条规定的情形，依据同法第45条第1项规定，处新台币4万元以上400万元以下罚款。
