食品安全卫生管理法第9条所指的食品追溯追踪系统包含了三大实施重点：
应建立食品追溯追踪制度（第9条第1项：相关业者须依“卫生福利部”2013年11月19日发布的“食品及其相关产品追溯追踪系统管理办法”，以纸质或电子方式，留存相关产品信息、供货商信息（进货、产品流向信息（出货及内部追溯的纪录数据；
须于每月10日前申报上一个月的食品追溯追踪信息至食品追溯追踪管理信息系统─非追不可（第9条第3项：“卫福部”公告新增的12类产品及原已公告实施追溯追踪制度的食品业者（包含食用油脂、肉品加工食品、乳品加工食品、水产品食品、餐盒食品、食品添加物、基因改造食品原料，自2016年1月1日起分阶段实施。
（三应使用统一发票的食品业者应使用电子发票（第9条第2项：属于公告实施的项目，且依财税机关认定应开立统一发票者，应使用电子发票，自2015年9月1日起分阶段实施，“财政部”将持续协助受规范的食品业者全面导入电子发票。
如公告指定食品业者建立追溯追踪的数据不实，或未建立追溯追踪系统且经命限期改正，届期不改正者，依违反食品安全卫生管理法第9条规定，分别依同法第47条及第48条，处新台币3万元以上3百万元以下罚款，情节重大者，并可命其歇业、停业一定期间、废止其公司、商业、工厂的全部或部分登记事项，或食品业者的登录；经废止登录者，一年内不得再申请重新登录。
“卫生福利部食品药物管理署”强调，食品追溯追踪制度为自主管理中的一种把关方式，食品业者应该重视自身产制及贩卖食品的责任，掌握产品的原物料、半成品及成品的卫生安全，加强管控产品制程及品保制度，以符合食品良好卫生规范准则等相关法规规定，落实自主管理，与政府共同积*努力为消费者的食品卫生安全进行把关。
公告事项如下：
一、应建立食品追溯追踪系统的食品业者如下：
食用油脂的制造、加工、调配及输入业者。
肉类加工食品的制造、加工、调配及输入业者。
（三乳品加工食品的制造、加工、调配及输入业者（市售包装乳粉及调制乳粉除外。
（四水产品食品的制造、加工、调配及输入业者。
（五餐盒食品的制造、加工、调配业者。
（六食品添加物的制造、加工、调配及输入业者。
（七基因改造食品原料的输入业者。
（八黄豆的制造、加工、调配及输入业者。
（九小麦的制造、加工、调配及输入业者。
（十玉米的制造、加工、调配及输入业者。
（十一面粉的制造、加工、调配及输入业者。
（十二淀粉的制造、加工、调配及输入业者。
（十三食盐的制造、加工、调配及输入业者。
（十四糖的制造、加工、调配及输入业者。
（十五茶叶的输入业者。
（十六包装茶叶饮料的制造、加工、调配业者。
（十七黄豆制品的制造、加工、调配及输入业者。
（十八婴儿及较大婴儿配方食品的制造、加工、调配、输入及贩卖业者。
（十九市售包装乳粉及调制乳粉产品的制造、加工、调配、输入及贩卖业者。
二、有关公告事项一的食品业者规模及实施日期如下：
**款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记者，自2014年10月31日实施。
**款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2014年10月31日实施。
（三第二款至第五款及第十九款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记者，自2015年2月5日实施。
（四第六款的制造、加工、调配及输入业者、第二款至第四款、第七款及第十九款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2015年2月5日实施。
（五第八款至第十四款、第十六款及第十七款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2015年7月31日实施。
（六第八款至第十五款及第十七款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2015年7月31日实施。
（七第十八款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2016年1月1日实施；办有工厂登记且资本额低于新台币三千万元者，自2016年7月1日实施。
（八第十八款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2016年1月1日实施。
（九第十八款及第十九款的贩卖业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，且资本额新台币三千万元（含以上者，自2017年1月1日实施。
三、有关公告事项一的食品业者，应于每月十日前至“食品追溯追踪管理信息系统（非追不可”（
**款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2014年10月31日实施；办有工厂登记且资本额低于新台币三千万元者，自2017年1月1日实施。
**款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2014年10月31日实施。
（三第二款、第三款及第五款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2016年1月1日实施；办有工厂登记且资本额低于新台币三千万元者，自2017年1月1日实施。
（四第二款、第三款、第七款至第十五款、第十八款及第十九款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2016年1月1日实施。
（五第四款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2016年3月1日实施；办有工厂登记且资本额低于新台币三千万元者，自2017年1月1日实施。
（六第四款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2017年1月1日实施。
（七第六款的制造、加工、调配及输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2017年1月1日实施。
（八第八款至第十四款及第十六款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2016年1月1日实施。
（九第十七款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2016年3月1日实施。
（十第十七款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2016年3月1日实施。
（十一第十八款及第十九款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2016年1月1日实施；办有工厂登记且资本额低于新台币三千万元者，自2016年7月1日实施。
（十二第十八款及第十九款的贩卖业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，且资本额新台币三千万元（含以上者，自2017年1月1日实施。
四、有关公告事项一的食品业者，依“加值型及非加值型营业税法”规定应使用统一发票者，应使用电子发票，其实施日期如下：
**款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2014年12月31日实施；办有工厂登记且资本额低于新台币三千万元者，自2018年1月1日实施。
**款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2014年12月31日实施。
（三第二款、第三款及第五款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2017年1月1日实施；办有工厂登记且资本额低于新台币三千万元者，自2018年1月1日实施。
（四第二款、第三款、第七款至第十五款及第十七款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2017年1月1日实施。
（五第四款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记者，自2018年1月1日实施。
（六第四款的输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2018年1月1日实施。
（七第六款的制造、加工、调配及输入业者：办有商业登记、公司登记或工厂登记者，自2019年1月1日实施。
（八第八款至第十四款、第十六款及第十七款的制造、加工、调配业者：办有工厂登记且资本额新台币三千万元（含以上者，自2017年1月1日实施。
（九第十八款及第十九款的制造、加工、调配、输入及贩卖业者：符合公告事项二的规模及业务型态者，自2015年9月1日实施。
