按照方案，从2015年9月起，中央补贴资金总额的90%将按交售量补给棉农，其余10%，面向喀什、和田、阿克苏地区以及克孜勒苏柯尔克孜自治州4个南疆地州，向“基本农户”兑付棉花种植面积部分的补贴。
在2014年度的试点工作中，执行的是中央补贴资金的60%按棉花种植面积来补，40%按实际交售量来补。但“面积＋交售量”的补贴方式存在工作量大、行政成本较高等弊端。
同时，为方便农民，今年，新疆还将实行电子化的“种植证明”，不再使用原先的纸质版。大部分棉农的种植情况已被录入系统，农民可直接交售。
在棉花公检方面，自治区纤维检验局相关负责人介绍，从今日起，新疆棉花公检开始入库，新疆纤维检验系统将按照“专业仓储+在库公检”的制度和工作模式，入库公检可核准新疆棉花产量，确保棉花品质检验的真实可靠，保障棉农的利益，稳定棉花生产大局。
去年，新疆纤检系统完成监管棉花公证检验99881批，425.95万吨，占全国总产量的六成以上，公检数量与新疆棉花产量一致。
2014年9月，国家首次在新疆实施棉花目标价格试点工作，同时取消棉花临时收储。此后，我国棉花价格开始由市场供求形成，政府不再干预市场价格。
目标价格是指在保障农民获得一定收益的前提下，国家有关部门根据农产品种植成本制定出的预期价格。如果在收获时，农产品的市场价格低于目标价格，将按照差额补贴给农民；如果市场价格高于目标价格，则不发放补贴。
近年来，我国棉花市场波动较大，为了保护棉农利益，从2011年开始，国家连续3年实施棉花临时收储政策，对稳定国内棉花生产、保护农民 利益发挥了重要作用；与此同时，也造成国内棉价远高于国际市场，下游纺织产业原料成本居高不下，国际竞争能力急剧弱化，再次影响到棉花的生产、收购。
