新疆兵团棉花销售以入国储为主。数据显示，2013棉花年度到年底，新疆兵团兵师棉麻公司累计收购皮棉152 0173 3840.5万吨，比上年度同期增加2.9万吨；累计销售皮棉118.4万吨，同比减少11.2万吨；库存16.1万吨，同比增加13.1万吨，棉花销售慢于上年。
新疆兵团发改委介绍，2013年新疆兵团棉花销售慢于上年的主要原因为：2013年度棉花收储办法调整，棉花收储实行“限时限量”，交储速度略慢于上年。同时，新疆兵团棉花交储合格率低于上年。
根据《2013年度棉花临时收储预案》，包括新疆兵团在内的中国棉花主产区从2013年起执行国家新的棉花质量检验标准，即根据棉花颜色 分级检验标准，简单来说就是棉花越白越值钱。该预案明确规定只收储经仪器化公证检验的锯齿细绒棉；棉花包装要符合国家标准，铁路运输棉包捆扎物应使用塑钢 带等。
据悉，截至2013年底，新疆兵团所属轧花厂累计公检皮棉154.4万吨，已公检棉花中长度短于27毫米不符合国家收储条件的棉花达6.82万吨。预计全年度新疆兵团棉花交储合格率约为94%，比上年度低4个百分点。
2011年起，新疆兵团决定在部分棉花加工厂首次采用国际通行的“色特征级”检验标准，淘汰棉花品级检验标准。
来自新疆兵团棉花协会的数据，在2012跨越2013棉花年度，新疆兵团累计收购加工皮棉154.22万吨，并实现棉花百分之百公检。累计销售皮棉153.72万吨，其中交储151.12万吨，创棉花销售交储新纪录。
作为中国重要优质商品棉生产基地的新疆兵团2013年种植棉花882.87万亩，较上年增长5.5%。目前，新疆兵团棉花种植面积占到新疆的三分之一，产量占到全疆的45%左右。
