HACCP计划时进行危害分析的难度。上海地区共有近二十家出口罐头生产企业都建立了HACCP管理体系，根据这些工厂在制定HACCP计划中的经验和教训，我们可以发现危害分析是制定HACCP计划的重要环节。只有对各个生产流程和所用的原辅材料进行详尽周全的危害分析，才能制定出一个完善的HACCP计划。现将罐头食品HACCP计划危害分析的重点总结如下。
原料验收
几乎所有的农副产品都可以用作罐头食品生产的原料。由于我国目前的农业生产体系还是以小规模的个体生产为主，因此在农药、兽药使用的控制上存在着诸多问题。近年来我国出口的蔬菜及肉禽类产品由于农残及兽残不符合进口国的要求而退货的情况时有发生，因此作为一种化学危害，农残或兽残是一种潜在的危害，但是它是否是一种显著危害，则应根据具体情况进行具体分析。
如果工厂生产所用的原料来自于经过专业工厂加工的工业化产品，如浓缩果汁、冷冻猪肉等，这些专业加工厂经过罐头生产企业的合格供货方评审，并且他们对原料的验收有一套完善的体系，已经对农残、药残进行了控制，那么在对这样的原料验收时，农残、药残就可以被认为不是一个显著危害。如果罐头工厂所使用的原料直接来自于个体种植者或养殖者，由于对农残、兽残的使用和检测缺少系统的监控，在原料验收时，农残和兽残就应该认为是一个显著危害。
动物产品的疫病是原料验收过程中应注意的一个生物危害，虽然罐头食品的生产*终要杀菌，但是考虑到在生产加工过程中，疫病会传染，因此动物产品的疫病是一个显著的危害。
