自酿葡萄酒在原料、酿造条件控制不佳时，确实可能带来种种安全风险。与甲醇超标相比，杂菌污染导致的有毒物质积累是更常出现的问题。
我们人类觉得可口美味的东西，微生物也同样喜欢。葡萄果实中大量的葡萄糖为酵母提供了适宜的营养来源，同时也为其他杂菌提供了良好的生存条件。在工业化生产中，需要通过多种手段来对杂菌进行抑制。通常，我们会通过添加二氧化硫的水溶液来对葡萄汁进行消毒处理。值得一提的是，葡萄表皮上的白霜里面虽然含有天然酵母，但在工业生产中并不使用这些天然酵母来进行发酵。这些天然酵母并不一定符合生产的要求，甚至会产生不良的味道，此外白霜上也会含有其他的杂菌，对酒产生污染。所以，在发酵之前会对葡萄汁进行杀菌处理。这一步由于添加了二氧化硫，其本身也使得葡萄细胞里面的果胶酶失活，进一步减少了甲醇的生成。灭菌后的葡萄汁被装入发酵罐中，并添加上人工培养的酿酒酵母。在发酵过程中，随着酒精浓度的提高，杂菌的生长也会受到抑制，从而保证葡萄酒的安全。
但是，对于自酿葡萄酒来说，一般很难达到这样的卫生条件。自酿葡萄酒较少对容器或者葡萄汁本身进行消毒，杂菌容易残留。另外，相比工业生产中使用的酿酒酵母，家庭酿酒所使用的酵母品种不一定能耐受较高浓度的酒精，因此*终得到的葡萄酒酒精度也可能不够高，不足以抑制杂菌生长，这也增加了成品酒变质的风险。另外，对于自酿葡萄酒来说，发酵容器的选择也是一个问题。在家制作发酵食品，*有效的预防杂菌污染的方法就是密封，然而葡萄酒在酿造的过程中会产生大量二氧化碳，中途必须要打开容器进行放气处理，这也会导致杂菌进入到葡萄汁里面，增加安全风险。
在酒的品质和安全性方面，自酿葡萄酒其实都没有优势。自酿葡萄酒往往采用的都是鲜食葡萄，与专门的酿酒葡萄相比，它们的表皮多酚类物质比例并不高，酿成酒在风味上也会打折扣。此外，鲜食葡萄的糖分也难以达到酿酒葡萄的水平，为了达到一定的酒精度，就只能依靠额外添加糖。如果是为了追求“保健效果”，选择自制葡萄酒也不值得。葡萄酒本身的保健效果就缺乏足够证据支持，而且在使用鲜食葡萄制成的自酿酒中，可能对健康有益的抗氧化成分也会更少
