计量不准将导致长江口的水减少入海流量，将会造成长江口海水入侵，中线从丹江口取水，取水多了会减少丹江口水量，影响汉江中下游用水等。专家测算时证明，长江大通水文站以下沿江两岸有数百个抽水站，引水流量不能超过3000立方米/秒，否则就要加强水资源的统一管理和进行长江口的综合治理
东线一期工程调水规模增加抽水不能超过100立方米/秒，必须控制在占长江枯水期流量的1.3%，新增加的年调水量平均在0.4%，才不会对长江口海水入侵造成影响。即到2030年，抽江水要控制在800立方米/秒。为了减少东线工程在特殊枯水年，流量小于1000立方米/秒，就要减少或停止抽引长江水。为了在较大程度上降低枯水期长江口海水入侵，在1～4月份的枯水期，要保证长江下游流量增加(1000～2000)立方米/秒。
在中线工程中，丹江口水库下游4公里外，就是淅川县九重镇，陶岔渠首枢纽工程就坐落在这里，此工程被工程人员称为南水北调工程中的“水龙头”。枢纽宽60米的水面，像一条碧绿的玉带蜿蜒盘旋。丹江口水库的水奔腾而来时，200米宽的水面气势很磅礴。几十米高的闸门一打开，一泓清水就奔京津而来。但此段充水试验起于南阳市淅川县的陶岔渠首枢纽闸，止于郑州市须水河节制闸，工程全长约447公里，约用水1.2亿立方米。黄河以南段总干渠充水试验采用自流连续充水方式进行，而丹江口水库现在的水位为142.9米，水位还不够，靠自然重力流走比较慢，随着主汛期蓄水量增加，丹江水就流得快了。
南水北调中线工程中，水经过焦作市城区，也是**穿过中心城区的城市。水流过的城区要提高13米，这就需要对低处渠段地方进行填筑、加高、大堤高度要加高6米以上，只有这样控水才能成功。为什么这样控水呢？渠水在城市之上，一旦发生水患，城市安全就会受到威胁。
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