行动计划提出，到2020年，在农村生活垃圾污水治理方面，东部地区、中西部城市近郊区等有基础、有条件的地区，要基本实现农村生活垃圾处置体系全覆盖，中西部有较好基础、基本具备条件的地区，力争实现90%左右的村庄生活垃圾得到治理；在养殖业污染治理方面，全国畜禽粪污综合利用率达到75%以上；在种植业污染防控方面，要持续推进化肥、农药减量增效，全国主要农作物化肥、农药使用量实现负增长，化肥、农药利用率均达到40%以上。
下一步，农业面源污染防治要着力推进水产污染防治和水生态保护，要推进以长江为重点的水生生物保护，在长江流域水生生物保护区实行全面禁捕，逐步实现长江干流和重要支流全面禁捕，在通江湖泊和其他重要水域实行限额捕捞制度，修复沿江近海渔业生态环境。
