记者发现，草案修改二稿在食品安全工作原则中增加属地管理的内容，增加县级以上人民政府对食品安全监督管理等工作“统一领导、组织、协调”的职责，以及“建立健全行政监管、行业自律、社会监督有机结合的工作机制”，并规定乡镇人民政府、街道办事处应当依法开展食品小作坊、小餐饮、食品摊贩食品安全隐患排查。
为了保护消费者的知情权和选择权，草案修改二稿将此前关于销售转基因食品的标示要求，由“鼓励”修改为“应当”，提出“销售转基因食品应当在转基因食品销售区域的醒目位置予以明示，提醒消费者注意。”
修改二稿中还进一步对餐厨废弃物的管理进行了明确：“县级以上人民政府及其有关部门应当采取措施，加强餐厨废弃物的管理，防止餐厨废弃物作为原料进入食品生产经营环节；餐厨废弃物产生、收运、处置单位应当建立台账，详细记录餐厨废弃物的种类、数量、去向、用途等情况。”
此外，为确保舌尖上的安全，强化法规的约束力和震慑力，修改二稿对生产经营者在超限量使用食品添加剂、使用餐厨废弃物为原料，小餐饮、食品摊贩等不符合规定的条件等情况，以及小作坊为取得登记证便从事食品生产加工、无证经营等违法行为的处罚方面，提高罚款幅度，或增加停产停业等规定。
