《方案》提出的总体目标是，各地要科学划定畜禽养殖禁养区，开展禁养区、限养区内畜禽养殖业清理整治，2017年底前，依法关闭或搬迁禁养区内的畜禽养殖场（含小区，下同和养殖专业户，珠三角区域提前一年完成。现有规模化畜禽养殖场要配套建设粪便污水贮存、处理与利用设施，散养密集区要实行畜禽粪便污水分户收集、集中处理利用。自2016年起，新建、改建、扩建规模化畜禽养殖场要实施雨污分流、粪便污水资源化利用。
此外，各地还应坚持权属责任，《方案》要求在非禁养区，按照谁污染、谁治理的原则，畜禽养殖场是污染治理主体，必须切实承担治理责任，加大污染治理投入。
