食品安全工作考核重点包括各市（州年度食品安全工作组织领导及经费保障、食品安全标准管理、食品安全风险监测、食源性疾病管理和食品安全风险交流等工作的完成情况，各市（州卫生计生行政部门的主要负责人为本地区食品安全工作**责任人。
根据《考核办法》，省卫生计生委每年将组织考核工作组通过听取汇报、查阅资料、座谈走访、暗访调查等方式，按照考核评分细则的33项具体任务指标，对各市（州本年度食品安全工作完成情况逐项检查并进行量化评分。考核结果将向各市（州、直管市、神农架林区政府和有关部门进行通报，并作为省卫生计生委目标责任制考核评价的重要依据。
同时，《考核办法》还要求各市（州卫生计生行政部门结合本地实际，制定本市（州的食品安全工作考核评价办法，对辖区内各县（市、区工作食品安全工作进行考核，建立健全卫生计生系统食品安全工作考核评价机制。
