据了解，本次督查分为自查与督查两个阶段。2016年12月10日前，各地按照《意见》规定，结合本通知要求，对照《学校校园及周边食品安全工作自查表》，进行部门内部自查和多部门联合检查，形成自查报告。在2016年12月底前， 国务院食品安全办等6部门对部分省（区、市落实《意见》要求情况进行联合督查。
督查的重点为2016年发生过学校食物中毒、学校校园及周边食品安全事件的地区。
督察组将采取查阅资料、明察暗访、听取汇报、座谈交流的方式开展督查。将从《学校校园及周边食品安全工作自查表》中随机抽取部分内容进行督查。重点督查完善管理制度、落实食品安全主体责任、加强食品安全教育、加强食品安全监管、加强综合治理、严厉打击食品安全违法行为、加强工作统筹、加强考核督导、加强组织领导和社会监督等情况及规范含铝食品添加剂使用、严惩违法使用工业明胶等其他需要检查的工作。
国务院要求各地高度重视，坚持问题导向，按照联合督查的内容和重点，认真开展自查，切实消除学校校园及周边食品安全风险隐患；各省（区、市及新疆生产建设兵团食品安全办于12月10日前，将自查报告报送至国务院食品安全办，内容包括已开展工作、存在的主要问题、下一步工作等。
