新《通则》与现行的《食品生产许可审查通则》相比，主要有“两通一简”三大变化：一是实现《通则》的通用性。食品（含保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品、食品添加剂通用一个《通则》，对同一企业生产不同类别食品，统一审查基本要求，与“一企一证”原则实现有效衔接。
二是实现许可与监管的联通。加强生产许可与日常监管的衔接，体现加强事中事后监管的原则。将现场核查中发现问题的整改由企业在取得许可证后一个月内完成，三个月内监督检查，不仅缩短企业办证时限，而且使许可和监管活动紧密联通。
三是简化了许可审查条件、要求和内容。简化了延续、变更需要提交的材料和审查要求；简化了对试制产品检验合格报告的要求；简化了对外设仓库的核查要求；简化了许可文书。
《通则》共5章56条，主要内容包括适用范围、申请材料审查、现场核查、核查结果上报和检查整改要求等。《通则》严格划分了许可审查的方式，将生产许可审查划分为申请材料审查和现场核查两种方式。规定对许可延续、生产食品品种变化、法人代表人事变更等，可以仅通过申请材料审查决定是否准予许可。同时，为严格生产条件，保证食品质量安全，《通则》规定，对工艺流程、主要生产设备设施、食品类别发生变化的，必须进行现场核查。
《通则》优化了现场核查要求，既规定了必须进行现场核查的情形，又全面规定了现场核查的人员、核查的内容、核查的程序、工作时限要求、核查记录、核查结果确认等内容。特别是在现场核查中明确了观察员参与现场核查的要求，优化了核查评分表、签到表，提高了现场核查的可操作性。
《通则》完善了许可审查机制，赋予申请人核查整改机会，对于判定结果为通过现场核查但存在一些管理瑕疵的情况，准予申请人在1个月内进行整改，发放生产许可，由负责对申请人实施食品安全日常监督管理的食品药品监督管理部门或其派出机构在许可后3个月内对获证企业开展一次监督检查，重点检查现场核查中发现的问题是否已进行整改。
此外，《通则》还提出了行政许可方便服务机制。**，下放许可决定的权力，尽可能让申请人到所在地市县级许可机关申请许可事项，提高行政效率、方便申请人；第二，准许申请人委托代理人申请生产许可证；第三，对换证审查能够不进行现查核查的尽量不进行现场核查；对能够当场作出许可决定的，应当场决定，能即时办结的事项，要抓紧即时办结；第四，要求改进许可工作方式，积*推进电子政务，运用信息网络等现代技术手段，简化程序、减少环节，切实提高管理水平、强化服务、方便群众。
