在食用农产品种养殖领域，重点检查企业资质、生产过程控制、产品检测等影响农产品安全的情况。对在农业部和市级例行监测中多次出现禁限用农药超标的，予以取缔。对现场发现存有、使用国家明令禁止农药的，移送司法机关追究刑事责任。
在食品生产领域，重点检查生产条件、原料管理、**婴幼儿和其他特定人群的主辅食品管理等，对生产添加药品的食品，超范围、超限量使用食品添加剂生产食品情节严重的吊销许可证。食品销售领域，重点检查健康管理、销售行为和食用农产品销售等情况。对无照销售食品的予以取缔。对销售假冒伪劣、过期食品的；未按规定进行检验检疫或检验检疫不合格等食品违法经营情节严重的，吊销许可证。
在餐饮经营领域，重点检查旅游景区、商业区、学校、集贸市场、机场等周边的餐饮经营场所。对无照从事餐饮服务经营的予以取缔。对违法使用非食用物质、病死牲畜肉或使用回收食品作为原料加工食品的；对未按规定制定、实施原料采购控制要求等存在重大食品安全隐患的，责令停业整顿。
在保健食品生产经营领域，对未经许可从事保健食品生产经营的；地下黑窝点生产保健食品的；以会议、讲座等形式违法销售保健食品的，予以取缔、吊销许可证。
在进出口食品领域，重点检查从事进口食品销售企业，对销售产品来自非准入国家或国外食品生产加工企业未注册的予以取缔。对无法提供销售商品入境检验检疫证明的；未建立食品进口和销售记录制度的责令停产整改。
在药品生产领域，重点检查是否按处方投料、中药制剂是否违法添加、生产过程是否严格执行批准的生产工艺等。对无证生产药品的，移送司法机关处理。对存在严重缺陷项的，收回GMP证书。药品流通领域，以疫苗、血液制品、二类精神药品制剂等为重点品种，检查中发现药品经营企业为他人违法经营药品提供场所、资质证明文件、票据等条件的；从个人或无《药品生产许可证》《药品经营许可证》的单位购进药品等行为，吊销《药品经营许可证》并向社会公开；涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
此次食品药品安全大检查分为企业自查、区县普查、专家抽查、部门督查和市级核查五个步骤进行。特别把无证无照生产经营食品药品、食品生产加工小作坊和食品摊贩、区域性非法药品交易市场、非法制售以及个人非法收售药品等作为区县综合治理重点。
