“两证合一”即对食品经营者颁发新的《食品经营许可证》，不再颁发《食品流通许可证》、《餐饮服务许可证》，取消对饭馆、咖啡馆、酒吧、茶座等4类公共场所卫生许可证的行政许可受理。同时将酒类批发、零售，保健食品经营纳入食品经营许可。
“两证合一”将很好地解决食品混合经营需要办理多张许可证的问题。如一些超市既销售一般食品又经营酒类和保健食品的经营者，取得《营业执照》后，只需申请一张《食品经营许可证》，即可开张营业。另一显著变化是，新的《食品经营许可证》有效期，由原来的3年延长到5年。
