修订草案还加大了行政处罚的力度，增设了从重处罚的规定，明确食品生产经营者出现“一年内所生产经营食品出现两次以上食品安全监督抽检不合格且危害人体健康、生命安全”“一年内因违反本条例规定累计受到三次处罚”“隐匿、伪造或者毁灭有关证据材料”等其中任一情形，依照法律、法规的规定从重处罚。
对于网购食品安全问题，修订草案设立了更严格的监管法律制度。在食品流通环节，增设了网络食品经营者、网络食用农产品经营者和网络食品交易第三方平台的食品安全责任。而网购平台未履行管理义务的，由县级以上人民政府食品药品监督管理部门责令改正，没收违法所得，并处5万元以上20万元以下罚款；造成严重后果的，责令停业，直至由原发证部门吊销许可证；使消费者的合法权益受到损害的，应当与食品经营者承担连带责任。
