当前，我国对保健食品的监管主要包括两个方面：一是对产品的安全性进行监管。目标是保障消费者在消费保健食品时不会导致健康损害，也就是食品安全。二是对保健食品的功能与功能声称进行管制。保障消费者在消费保健食品时能够基本实现对该产品的消费预期。
管制部门确定了其管制的功能、主要成份（物质等目录，并对生产者的产品功能、生产及工艺规程等实施注册审批，对生产准入审批。此外，为保证对功能认知、理解、表述、市场推广等方面表述（声称的统一和一致性，管理上还规定和规范了对功能的声称，并强制执行。审批制对迅速规范行业行为，保护消费者权益起到了重要的作用。
但经过多年的发展，在新的发展阶段，审批制也产生了一些弊端。另外，从调研的情况看，保健产品的主要风险在生产和销售这两个环节更加突出，相对这两个环节，审评、审批的风险要小于生产和销售这两个环节，但在管理上，审评、审批似更严厉。
张永建认为，目前以审评、审批为核心的许可制度的弊端主要表现在：
一、弱化了生产经营者是"**责任人"的法律责任和法律义务，加大了政府的责任风险
在市场经济条件下，生产经营者是市场经济中的主体，是"**责任人",生产经营者对其生产的产品和提供的服务必须是安全的。在审批制的背景下，从企业和社会公众的角度看，产品经过政府审批后，就相当于政府为其产品背书和担保（至少是部分担保，政府自然也就承担了相应的责任和风险。从已有的案例来看，企业将责任推卸给政府，甚至"绑架"政府的情况都是存在的。此外，审批制还使政府承担了相应的科技风险，这种风险很有可能使政府陷入首鼠两端的尴尬境地。
二、政府有限的监管资源没有实现有效科学的配置
2011年，有新闻媒体从北京、天津和河北市场上随机购买保健食品螺旋藻片、深海鱼油软胶囊，天然维生素E等产品进行了检验，结果60%以上的螺旋藻保健品中重金属铅含量超标，70%以上的鱼油软胶囊保健品中功效成分含量远远低于批文中的含量，甚至功效成分未检出，其中包括行业中的知名品牌。显然，这些问题并不是因为上市审批把关不严造成的，而是源于生产过程。
再例如，有些厂商钻制度或监管中的空子，对保健食品的标志性成分造假。比如，在产品中使用合成的维生素E来代替天然维生素E.
由此看出，加强事中和事后的治理，维护公平竞争的市场秩序，是当前保健食品监管重要和迫切内容，是进一步规范产业发展必不可少的关键环节。但是，在监管资源的配置上，审评、审批占用了大量的资源，而事中、事后的过程性监管和市场监管所配置的资源则相对薄弱，反映出"重审批、轻监管"的特征。此外，重复审批、重复检测等大量的重复性劳动都占用了监管部门的资源。
三、占用了很多企业和社会的资源
《保健食品管理办法》核心的内容是产品需要前置审批，而且是产品"个案审批"制，即以产品为单位进行审查批准，无论产品中的主要成分是否相同，都需要按照同样的审批流程进行。一个保健食品新产品从产品初审、卫生学及功效成分稳定性试验、毒理和功能试验、技术审批、行政审批后，一般需要2年左右的时间。这样的流程虽然保证了评审产品的合理性，但也大大提高了企业的成本。
有材料显示，实施保健食品上市审批的16年中，卫生部和药监局下发的注册证书（已经过期的和当前仍然活跃的累计达15,000个左右，申请但尚未批准批的也有2000个左右。如果假定每个产品的平均注册成本是30万左右测算，在过去的16年中，各种各样的厂家、商家为审评、审批支付的费用接近50亿元，这无疑是一个巨大的投入。另外，从保健食品申报开始至审批通过获得证书一般需约2-3年，等待期间的投入往往闲置。所有这些无疑占用了不少企业和社会的资源。
张永建提出建议，保健品在进入市场时采用备案制的管理方法。同时对备案有一个审查的过程，包括审查是否符合相关的要求，是否按照工艺和组方进行生产。审查通过了，原则上就能批准你进行生产。"这样的话，我们就可以节约一些监管的资源。节约监管资源放到哪呢？放到生产和市场销售的监管过程当中。我们提倡的是全过程的备案、全过程的监管，就是加强这方面的力量。"
