对蘑菇而言，除要求培养的菌类以外的微生物都统称为杂菌，在蘑菇生长过程中一旦感染杂菌，杂菌就会迅速繁殖，与蘑菇争夺养料和空间，甚至分泌毒素或寄生在蘑菇上，影响蘑菇的正常生长发育，从而给生产造成经济损失。因此，在蘑菇的制种和栽培中，应保证菌种优良纯正无杂，并且在接种过程要树立严格的无菌观念，掌握和运用消毒、灭菌技术，严防杂菌污染，以此降低微生物对蘑菇的正常生长发育的影响。
据专业从事食品杀菌技术研发和设备制造的上海康久消毒技术有限公司经理毛杉女士认为：由于蘑菇种类的不同，对培养基质、工具、环境中的无菌程度要求也不同。因此，可以根据生产情况选用不同的方法，如灭菌、消毒、防腐。
灭菌是指在一定范围内用物理或化学的方法，彻底杀灭物料、容器、用具和空气中的一切微生物，包括微生物的营养体和休眠体，使物料成为无菌状态。消毒是采用物理或化学的方法，杀灭或清除基质中、物体表面及环境中的部分微生物。除菌是一种机械方法（如过滤、离心分离、NICOLER动态杀菌技术等），除去液体或气体中微生物的方法。防腐是用来防止或抑制微生物生长繁殖的技术，是一个抑菌过程。杀菌泛指杀死微生物菌体，通常不包括芽孢，有这种作用的药剂称为杀菌剂。
毛杉女士继续说道：消毒灭菌是排除杂菌干扰，为蘑菇创造洁净生长环境的重要保证，也是蘑菇生产中的一项基本技术，是蘑菇生产成败的关键环节，其分别为：
一、无菌操作环节
1、接种室应保持清洁，用煤粉酚皂液擦洗台面及墙壁，定期用乳酸或甲醛熏蒸。每次使用前，均应用紫外灯灭菌；使用过程中，采用“NICOLER”动态杀菌机，此机器在工人上班时开机、过程中持续杀菌不允许关机，工人下班后同步关机，对人体无害处的同时，时时在线灭杀空气中的霉菌、枯草杆菌、沙门氏菌等杂菌。
2、进入接种室前，应先做好个人卫生工作，在缓冲间内要更换工作鞋帽、工作衣、戴口罩。工作衣、工作鞋、口罩只准在接种室内使用。不准穿到其它地方去，并要定期更换、消毒。
3、接种的试管、三角并瓶等应做好标记，注明培养基、菌种的名称、日期。移入接种室内的所有物品，均须在缓冲室用70%酒精擦试干净。
4、接种前，双手采用自动感应手消毒器手部消毒，建议采用75%医用酒精作为消毒介质流程为：“感应给皂机洗手—水龙头冲洗—感应式烘干—感应式手消毒”；以首次杀菌后时间计算，以后每隔60-90分钟对手部重新消毒一次，阻隔手部细菌的滋生及繁衍。
5、培养箱及接种工具应经常清洁消毒；操作过程不离开酒精灯火焰；棉塞不乱放；接种工具使用前后均需火焰灭菌。
二、 接种室的空气消毒方法
1、紫外线消毒法，其杀菌机理是当其作用于生物体时，可导致细胞内核酸和酶发生光化学反应，而使细胞死亡。另外，紫外线还可使空气中的氧气产生臭氧，臭氧具有杀菌作用。
但对真菌效果差，只起辅助消毒作用，还需配合药物使用。由于紫外线对人体有伤害作用，不要在开启紫外灯的情况下工作。
2、臭氧发生器，能高效、快速杀灭空气中和物体表面各种微生物，接种成功率可达97％以上；同时具有性能稳定、操作简单、耗电小的特点。对人体有伤害作用，不要在有人的情况下工作。
3、“NICOLER动态空气消毒机”，对车间内的空气进行消毒，保证食品安全。该消毒技术对车间消毒时，人可同时在车间内工作，对人体没有任何危害，同时使受控环境保持在“无菌无尘”标准。
4、甲醛和高锰酸钾熏蒸法，使用方法是每立方米空间用8～10mL 40%甲醛和5～7g高锰酸钾，先将高锰酸钾倒入陶瓷或玻璃容器内，再加入甲醛；加入甲醛后人立即离开，密闭房间消毒时20～30分钟。
三、接种室无菌程度检查方法
取无菌的营养琼脂平板，在接种室内台上和台下各放一套，把皿盖打开15min，然后盖好，倒置37℃恒温培养24-28小时，如果每个皿内菌落不超过4个，则可以认为无菌程度良好，若菌落很多，则应对接种室进一步灭菌。
