现行食品安全微生物学检验国家标准基本以培养分离法为主，而这些检测方法由于人为干扰、交叉污染及其方法本身的局限性，会对检测造成较大风险：可靠性较低、重现性较差、周期长、依赖专业人员的判断能力和从业经验等主观因素，耗费人力物力，导致检测风险变大而效率变低，妨碍了标准化质控管理，降低了用户出具报告时的自信心。
调研发现，现行标准的执行存在以下困难：**，人为干扰：大量人工操作、主观判断因素等导致批间差异较大，缺乏重现性。其次，交叉污染：微生物环境、人员、器具和仪器之间易产生交叉污染。再次，经验缺乏：专业人员的培训困难、耗时。同时实验室检验人员的资质、经验和主观判断力也*大影响了数据可靠性和检验结论的正确性。
对乳品企业而言，自身的环境监测和生产过程控制比样品检测更为重要。确保厂区内洁净作业区的设施和环境不会对产品带来微生物污染，才能真正保证产品安全。而传统的方法很难满足微生物风险评估、监测和污染溯源的需求。面对日益严峻的微生物风险的挑战，面对如此之多棘手的检测难题，面多越来越严格的法规要求，乳品企业急需基于DNA分析技术的高效检测设备以满足未来的应用需求。
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