《实施意见》提出了长江（安徽水生生物保护的主要任务，包括实施生态修复工程、优化完善生态调度、科学开展增殖放流、推进水产养殖绿色发展、实施珍稀濒危物种拯救行动、全面加强水生生物多样性保护、强化源头防控、加强保护地建设、提升保护地功能、完善生态补偿机制、加快推进重点水域禁捕、提升执法监管能力、强化重点水域执法、强化科技支撑、提升监测能力等15个方面，涵盖了与长江水生生物保护工作的全过程和各环节。
《实施意见》要求各地加大资金投入，健全多主体参与、多元化融资、精准化投入的体制机制。严格落实责任，将水生生物保护工作纳入市、县人民政府绩效及河（湖长制、林长制考核体系。开展水生生物保护法律法规和保护典型的宣传，引导全社会关心支持长江大保护。
