基因改造食品原料审查标准之制定，是以联合国食品标准委员会（Codex等国际组织於2000年建议以实质等同（substantial equivalence作为基因改造食品之安全评估原则。卫福部参考国际间之评估原则，订有「基因改造食品安全性评估方法」。
食药署表示，其召集组成之「基因改造食品审议小组」，广邀分子生物、农业化学、毒理学、免疫学、营养学及食品科学等相关学术领域中之专家学者参与，并分成基本资料组、营养组、过敏组及毒性组，每案先书面审查再以会议讨论。
审查重点包含基因改造食品原料之安全评估，审查项目包括产品特性、过敏诱发性、营养成分等。评估资料则包括基因改造植物的描述、基因改造方法的描述等，其中包括新表现物质的毒性评估、新表现蛋白质的过敏诱发性评估等。
食药署说明，申请者须依相关规定完成试验，再将申请资料送交食药署，由小组逐案审查，同时申请者也须把基因改造食品原料检体送交食药署，进行转殖品系分析。如经审查该原料实质等同传统作物，安全无虞，且确认其转殖基因片段与申请之品系相符，才会发给许可。
卫福部基因改造食品审议小组召集人潘子明教授说，唯有以科学实证的理性讨论，始能确保基因改造食品原料审查具有公信力，基因改造食品审议小组将秉持此一原则，持续协助政府为国人饮食安全尽一份心力。
