严格进出口食品监管。推进“进口食品安全放心工程”和“出口食品国际竞争力提升工程”两大工程。落实境外出口商（代理商及进口商备案管理，通过进口商督促境外出口企业落实主体责任，管好源头。引导出口企业加强行业自律，规范原料收购制度，加强原料种养殖基地监管，防止出现滥用药、用禁药等现象，有效解决源头质量问题。
严格风险监测预警。制订并严格执行进出口食品化妆品监督抽检和风险监测计划，及时做好数据总结分析，提高发现食品安全风险的能力，做到预防在先，加强食品安全舆情信息的收集。
2016年莆田辖区共检验检疫进出口食品1509批，货值13052.23万美元，同比增长4.14%和-8.63%。其中出口食品1414批，货值12119.93万美元，同比增长5.05%和-3.9%；进口食品95批，货值932.3万美元，同比增长-7.77%和-44.27%。查处出口食品不合格1批，进口食品不合格24批，进出口食品质量整体平稳。
