同时，云南省食品生产许可改革还将实施“一企一证”制度，即将原来一个企业多张证书调整为一个企业一张证书。而食品生产企业换发新版食品生产许可证后，应当在食品包装或者标签上标注新的食品生产许可证编号，不再标注“QS”标志。2018年10月1日起，食品生产者生产的食品不得再使用原包装、标签和“QS”标志。使用原包装、标签、标志的食品，在保质期内可以继续销售。
此外，此次改革还对许可时限进行了压缩。凡是具有法定检验资质、能够对一类或者多类食品进行全项目检验的检验机构，可以向省局递交相关资质证明文件，由省局将验证后的检验机构名录在食品生产许可网上审批系统即时更新，由食品生产企业在检验机构名录中自行选择检验机构，委托进行食品生产许可发证检验。发证检验机构应当在食品保质期内，按照检验标准10个工作日内完成样品检验（检验项目有特殊要求的除外。李星佺
