另据了解，针对北疆、南疆存在比较严重的农民籽棉“寄售”在棉花加工企业的做法（轧花厂不定价或定价偏低农民不接受短期结算，北疆入厂不结算的现象更加突 出），相关农业部门、贷款银行等视同轧花厂“打白条”，已经从北疆奎屯、博乐、石河子等地清理，对于“寄售”情况比较严重且不立即结算整改的棉花企业或取 消参与目标价格直补的资格。9月22日，阿克苏地区农发行召开棉花目标价格改革试点研讨会，棉企意见集中在“皮棉入监管仓库，并且需在库内取样、公检后运输出疆”，不仅拖延时间较长，而且给棉企增加300-400元/吨的费用；另一个是直补将限制籽棉资源的跨地区、跨市、跨县流动，而跨地区交售籽棉如何在其所在地申请补贴，同时强调轧花厂尽量不要收购无法提供种植证明或来路不明的籽棉，一旦农民根据厂里开具的收购票据无法申领到补贴，问题将很难解决。
据了解，因2014年南疆阿克苏地区柯坪县、新和县分别按种植面积和籽棉产量进行补贴，而《新疆棉花目标价格改革试点工作实施方案》对上述地区并不适用，因此“小方案”的出台仍需要一段时间， 9月21日以来柯坪县、新和县等地的村、乡、镇一级农业管理部门通过广播、报纸甚至到田间地头宣传等方式希望农民10月1日前不要交售籽棉，而是等待针对“面积”、“产量”单一直补政策出台后再择机销售。另外，9月20日以来阿克苏地区针对两个试点产棉县的“直补”情况分别做了部署，其中由县工商局及其它农业部门加大对两个县籽棉的监管力度，以块管理为主，在主要道路上设卡登记，但不能采取没收的方式，柯坪县主要防止籽棉资源流向外地，而新和县则主要防止外在籽棉流入。
