２００６年，新疆计划投资２．８５亿元，其中国家投资１．５亿元，地方投资１亿元，完成棉花良繁田建设１３．９万亩，高标准棉田４万亩，三级种子体系配套等建设内容。至此，包括“九五”、“十五”期间，国家对新疆棉花基地累计投资的１７．５亿元，投资总额已超过２０亿元。
据了解，“十一五”期间，国家明确提出要继续加快新疆优质棉生产基地建设，国家发改委批复了新疆优质棉生产基地建设项目可研报告，规划总投资１５．２１亿元，完成种子工程、高标准棉田建设、技术综合服务体系三大建设内容，建设种子田５３．５５万亩，高标准棉田８６万亩，技术服务综合楼１０６个。
