通过各种化验分析的方法，判断菌株可能具有某种或某些优良性状。这种方法目前只限用于新菌株选育时作为参照依据，其规律性有的食用菌较明显，有的还不明显。可供参考的生化指标主要有：
（1）呼吸强度 采用华勃氏呼吸仪，以单位重量成活菌丝在单位时间内呼吸强度，即通过测定其氧气消耗量和二氧化碳增长量，判断菌株呼吸强度与产量的关系。
（2）多酚氧化酶 多酚氧化酶是参与分解木质素的酶种之一，其含量高、活性强的菌株，一般是高产菌株，起码对香菇菌株来说是如此。含多酚氧化酶多的菌株子实体色泽好。
（3）虫漆酶 虫漆酶是参与分解木质素的酶种之一。相同条件下培养的同量菌丝含虫漆酶量高的菌株是好菌株，其同化培养基能力强，培养基残留物少。
（4）纤维素酶和半纤维素酶 香菇菌丝在相同条件下培养，菌龄相同的菌株这两种酶活性较高的产量较高。
（5）酯质同工酶 该酶谱测定是菌株优良性状检测指标之一，也是同一种类食用菌的不同菌株的鉴别方法之一。通过同工酶谱带的多少、宽窄、强弱，可以判断菌株之间遗传性状的相似程度和差异程度；同工酶谱与培养基成分、培养温度、pH、环境条件有关系，可以作为一种综合性状的检测指标。
（6）菌种分子标志检测 以香菇菌种细胞中染色体遗传表达结构中大分子或分子基因为标志，检测不同菌株的特殊标志，常用的有电泳染色体组型脱氧核糖核酸（DNA）鉴定分析、限制性片断长度多态性（RAPD，RFCP）分析等方法。此法必须同时引入许多引物（数百上千个），工作量较大，只是检测菌株间的遗传差异，不能检测菌株的优良程度。
