截至2017年6月25日，内蒙古食品药品监督管理局共完成食品安全抽检监测2418批次，其中监督抽检2393批次，发现不合格样品48批次，监督抽检样品合格率为97.99%；风险监测1639批次，发现问题样品41批次，问题样品发现率为2.50%。目前，全区完成食用农产品抽检及信息公示1684批次，不合格12批次，样品抽检合格率为99.29%，食用农产品的不合格原因主要为农兽药残留。
在抽检过程中发现，不合格率较高的产品有糕点、饮料等。糕点主要是端午节散装粽子因加工贮藏条件不达标导致微生物指标不合格；饮料主要是饮用纯净水不合格，不合格指标为铜绿假单胞菌，天然矿泉水中铜绿假单胞菌超标可能是源水防护不当，水体受到污染；生产过程中卫生控制不严格，如从业人员未经消毒的手直接与矿泉水或容器内壁接触，或者是包装材料清洗消毒有缺陷所致。
