针对城市饮用水，昆明市设75个监测点，其他州（市设50个监测点，各县（市、区城区设6个监测点，监测点的设置除涵盖城区内全部的市政供水外，还包括自建设施供水。针对乡镇饮用水，各县在所有（****乡镇辖区设置监测点，每个监测乡镇设4个监测点（即每个乡镇监测2个工程，出厂水和末梢水要一一对应，监测点的设置优先选择农村饮水安全工程，其次是其他集中式供水工程。此外，在每个县选择3所农村学校检测末梢水，其中包括2所农村饮水安全工程覆盖的学校和1所采用自建设施供水的学校。
截至目前，在中央转移支付资金支持下，云南省持续推进水和环境卫生监测项目加大饮用水卫生监测、农村环境卫生监测、空气污染（雾霾对人群健康影响监测和公共场所危害因素监测项目。全省饮用水卫生监测已实现129个县（市区全覆盖，监测乡镇覆盖率达93.75%。
