根据《中华人民共和国
《巡查指南》对小作坊巡查的频次、巡查的主要内容以及小作坊禁止生产的产品目录等进行了明确，并要求各市县食品药品监督管理部门做好以下工作：
一是调查摸底，查清底数。在原普查建档基础上进行查缺补漏，彻底摸清我省食品生产加工小作坊的底数，全面掌握小作坊业主、联系电话、地址、数量、所加工产品的类别、规模、质量状况、存在的隐患等，并逐步实现档案电子化管理和动态更新。
二是产品限制销售范围。小作坊产品限于在本乡镇销售，并不得进入商场、超市；本市县已有获证企业生产的食品品种，并且其产量可以满足市场需求的，其小作坊生产的同类食品不得进入酒店、学校食堂。
三是严厉查处违法行为。加大对小作坊产品的抽检力度，凡发现小作坊制售假冒伪劣食品、使用非食品用原料和滥用添加剂等存在安全隐患的违法行为必须实施严厉打击。
四是开展重点整治。对小作坊集中区域、集中生产食品、特色食品等开展排查，确定小作坊重点区域、重点产品和重点隐患问题，制定有针对性的整治方案，开展集中整治。
五是实施引导帮扶。对小作坊监管与帮扶并重，采取质量安全承诺书、教育培训、上门指导、典型带动等各种有效方式支持和鼓励小作坊不断改善生产条件，提高食品安全保障能力，转化为食品生产企业；鼓励具有区域性集中加工特点的小作坊进入园区，集中生产，统一规范；鼓励有意愿的食品生产小作坊整合做大。
六是食品药品监督管理部门应当建立小作坊安全档案，分别记录生产加工条件、日常监督检查、违法行为查处及产品质量监督抽查等信息；根据小作坊安全档案的记录，对有不良信用记录的小作坊应当增加监督检查和产品质量监督抽查频次，并将其名单及时向社会公告。
