该中心按照“规范运作、严格管理、确保质量、提高水平”的总体要求，进一步调整、规范了绿色食品认证管理工作，建立和完善了“以企业年检为重点，市场监督为补充”的监管制度，并在全国范围内推行，维护了绿色食品证明商标的严肃性，树立了监管工作的权威性，提高了信息的透明度。
2004年，增加新认证绿色食品企业1117家，新认证产品3080个，分别比上年增长21.7%和76.4%。全国共有2836家企业的6496个产品获得了绿色食品标志使用权，实物总量达4600万吨，年销售额超过860亿元，出口额12.5亿美元；产地监测面积596万公顷。从产品的类别结构上看，种植业产品占61.4%，畜牧业产品占17.2%，渔业产品占4.1%，其他类产品占17.3%。绿色食品认证增长61%，企业增长38.5%；这与我国农业大发展、全面建设小康社会的大形势是密不可分的。绿色食品在保持快速发展的同时，产品质量稳定可靠，实现了健康、快速发展。
为了保证绿色食品事业持续、健康和快速发展，中心主要采取了多种措施，加强绿色食品监管力度。
一是建立健全标志监管员队伍。实行标志监管员注册管理制度，要求参加企业年检的人员必须经过培训注册，取得资质，才能上岗，形成专业化的绿色食品监管员队伍。去年省一级的监管员培训审核基本完成，今年，逐步向地市延伸，计划在1-2年内达到每五家绿色食品企业有一名专职监管员，形成不断加强的、从上到下的专业化监管队伍。
二是完善年检制度。中心根据新形势不断完善管理制度，以企业年度检查为核心，专门修订了工作规范，使年检工作更加全面、科学、细致。年检工作分为两部分，**是到企业实地检查，由绿色食品标志监管员对企业的产地环境状况、生产过程、仓储、运输等进行全面检查。在年检工作规范修订之前，企业实地检查比例为30%，另外70%的企业通过书面调查方式进行。而现在实地检查率必须达到****，即每年对企业至少进行一次实地检查。第二是中心和各省绿办每年委托由农业部、技术监督等部门认可的第三方检验机构对企业产品进行抽检，保证检验的公正性。对年检不合格的企业取消绿色食品标志使用权。通过年检工作，强化对绿色食品的监管工作。
三是加大超范围用标和超期用标的纠正力度。根据标志管理的有关规定，绿色食品标志认证实行“一品一号”的原则，每个产品的标志编号不得用在其他产品上。尽管中心加大对用标的管理力度，但是由于主观和客观原因，违反用标规定的现象还时有发生，如超范围使用标志，超期使用标志、一标多用等。因此他们一方面在制度上、合同中加强约束，另一方面加强对企业规范用标的指导和监督。同时教育企业只有用标规范了，绿色食品才能体现出应有的价值，假冒产品才更易被告别和查处，侵权行为才会得到退制。
四是依靠工商管理部门配合打假。中心和每一级绿办都与工商部门积*衔接，所有通告都报送各级工商部门，并在社会上公示，双方形成了互动。在执法过程中，有的工商部门来信来函查询，他们和各地绿办及时答复，作为执法的依据，执法部门的行动也对企业起到积*的促进作用。
五是建立公告、通报制度。通报制度作为年检的配套措施，在全国性媒体上进行公告，除了对认证合格获得绿色食品标志使用权的产品进行公告，而且还对检查不合格、被取消绿色食品标志的产品和过期未续展产品也进行公告，并且在绿色食品系统内予以通报。公告通报制度让企业感到来自社会的压力，对产品质量和用标方面引起高度重视。
