复合型微生物肥料生产技术的关键之处就在于复合工艺，复合工艺的类型包括功能菌株间的复合、菌株与有机物料复合、以及菌株与有机物料及各类营养物质的复合等工艺。此外复合型微生物肥料产品也要求具有不少于一定含量的功能微生物和有机质，当然，某些产品为了实现某些特定功效，也会添加如氮磷钾养分、中微量元素、腐植酸、氨基酸等的营养成分。综上所述，复合型微生物肥料的生产工艺就是以保持功能菌种的活性为核心，以多种物料的“复合”为关键的技术。
设计原则
我们讲，标准永远都是指导生产的要素。所以在对复合型微生物肥料的设计、研发和生产阶段，都可以遵循GB�MT 32161-2015《生态设计产品评价通则》。之所以推荐该标准，也是遵循国家绿色产品生产的号召，强调生产、应用过程尽可能的降低资源消耗、尽可能的降低或是避免有毒有害物质使用，降低对污染的排放，对周围环境的友好。此外，复合型微生物肥料的设计也需要遵从有效降低化肥、农药使用，提升农产品品质的生态原则。
复合技术
复合技术是提升产品性能的关键，所以应该鼓励企业采用或创新研发新型的复合技术。当然，我们也要依据产品组成和资源配置条件选用适宜的复合加工技术。复合加工技术主要包括了物料复配技术、微化技术、复合共培养技术、包膜技术和包埋技术等，此外，我们还要控制、增强产品中的功能菌含量、生态适应性和产品效果及稳定性。
生产工艺
生产工艺就是要求企业在物料复合的工艺过程中保持功能菌及营养物的活性，确定功能菌与有机物料先行复合、再与其他营养物质复合的顺序。对特殊的功能菌、剂型及产品的复合，应兼顾特殊菌种产生的絮凝物质、各物料组分的溶解等特性，避免其所含的营养元素间产生沉淀。此外，选用的有机物料及营养物质不应对功能菌存活产生障碍，并在其混配、复合、造粒、烘干等生产过程中，有措施保证功能菌不失活。
菌种共性
功能菌种是微生物肥料的核心，想要实现菌种之间的安全、性能的稳定性，就需要在选用、组合菌种时，遵循“无害安全”，“功能增进”、“协调共存”三原则。在明确其菌种分类地位的基础上，我们推荐生物安全性上须满足《微生物肥料生物安全通用技术准则》（NY/T 1109）相关要求，菌种应参照《微生物肥料生产菌株质量评价用技术要求》（NY/T 1847）进行评价其性能，以及对菌种的协同、共存上需要进行平板对峙试验和盆栽（或小区试验）以确认复合在一起的菌种具有生态上的良好共存和功能上的协同增上功能。
