虽然在很多问题上，印度和巴基斯坦这两个老冤家总是各个不入，但是在对待转基因
印度的**种子公司，比如 Monsanto Holdings和Rasi Seeds公司，已经向印度*高生物技术管理部门提交了请愿，请求批准对巴基斯坦出口转基因棉花，巴基斯坦也在本国对这些种子进行初步的实地试验，以为将来批准作准备。如果两国之间的棉花种贸易如果成功，将开拓出市值高达10亿美元的市场。
棉花是巴基斯坦*重要的经济作物，占农业收入的8.2%，占全国产总价值的3.2%，全国出口创汇中三分之二是来自棉花产品，每年创造产值25亿美元巴基斯坦和印度有着相似的天气，所以很多在印度可以种植的棉花也可以在巴基斯坦种植，它也即将批准商业化种植转基因棉花，因此中国和印度农业部门都在与巴基斯 坦农业部门协商，企图进入这个市场。印度基因工程评估委员会也即将凭批准20多个转基因棉花种出口，用于在巴基斯坦进行实验性种植。 据估计，每年全世界因虫害给农业所造成的损失高达1200万美元，其中印度遭受的损失约为6000亿卢比。印度每年使用约80亿美元的农药， 其中用于棉花的约占38亿美元，巴基斯坦的棉花种植面积约为印度的一半，所承受的病害压力也和印度类似，出现的害虫也和印度的相同，近年来，巴基斯坦国内因为棉花急剧减产，已经成为棉花进口国，每年进口量超过3亿公斤，为了解决棉花短缺问题，政府计划采取多种方法，包括引进转基因作物，每年增加2.5万英 亩棉花种植区，每亩增产5%的计划来使得2015年达到年产2070万捆的水平。而在印度，90%的棉花种植区种植的是转基因棉花，种植了增产品种，使得 印度自06 年以来成为棉花的净出口国，其成功经验值得巴基斯坦借鉴。
现今在转基因棉植入的某个或者多个基因大豆是来自一个称为苏云芽孢杆杆菌的土壤细菌，它可以触发植物产生抗虫蛋白，并且仅对棉花*大的害虫种类—棉铃虫有效，因此可以大大减少农药的使用，虽然转基因种子的价格要高于普通棉花种，但是种植过程中减少了农药使用成本，因此同样能为种植户节省成本。
