虽然近几年审定的棉花新品种不少，但没有突破性的品种。为了适应棉农和棉花市场的需求，有关人士认为，今后棉花育种将向着以下三大方向发展：
品种杂交化
杂交棉品种较常规棉品种具有明显的丰产性、抗逆性。推广前景广阔。无论从棉花生产需要还是从商家角度考虑，杂交化都是棉种发展的方向。但短时间内还是以常规种为主。
转基因多项化
目前我国生产上应用的转基因抗虫棉品种，不管单价还是双价，都只有单一的抗虫功能。在农业发达国家，早就掀起了以提高农产品质量抗逆性、产品等品质为目标，应用多项转基因的第二次生物工程革命，并培育出大量具有突破性的新品种，如富含铁的大豆、富含维生素的水稻，抗除草剂、抗鳞翅目中更多害虫的棉花等。随着我国对外开放的不断深入，国内生物技术的不断提高，在一个棉花品种中，将集中多个不同功能的外来基因，使其具有更多的特性，如既有抗多种害虫、抗除草剂，抗干旱，抗盐碱、抗病以及高品质和高产量等多种特点的转基因优良品种。
棉花绒长多样化
我国棉花品种绒长长度单一，95%以上集中在27-29毫米的范围，仅适合纺32-40支纱，缺少长度为31-32毫米和25-26毫米纺高支纱和低支纱的原棉。要根据纺织工业要求适当培育长绒棉和短绒棉，对中长绒棉也要注意协调长度、细度和强力等指标。同时，要适当发展一些彩棉等特殊用途的棉花品种。
品种杂交化
杂交棉品种较常规棉品种具有明显的丰产性、抗逆性。推广前景广阔。无论从棉花生产需要还是从商家角度考虑，杂交化都是棉种发展的方向。但短时间内还是以常规种为主。
转基因多项化
目前我国生产上应用的转基因抗虫棉品种，不管单价还是双价，都只有单一的抗虫功能。在农业发达国家，早就掀起了以提高农产品质量抗逆性、产品等品质为目标，应用多项转基因的第二次生物工程革命，并培育出大量具有突破性的新品种，如富含铁的大豆、富含维生素的水稻，抗除草剂、抗鳞翅目中更多害虫的棉花等。随着我国对外开放的不断深入，国内生物技术的不断提高，在一个棉花品种中，将集中多个不同功能的外来基因，使其具有更多的特性，如既有抗多种害虫、抗除草剂，抗干旱，抗盐碱、抗病以及高品质和高产量等多种特点的转基因优良品种。
棉花绒长多样化
我国棉花品种绒长长度单一，95%以上集中在27-29毫米的范围，仅适合纺32-40支纱，缺少长度为31-32毫米和25-26毫米纺高支纱和低支纱的原棉。要根据纺织工业要求适当培育长绒棉和短绒棉，对中长绒棉也要注意协调长度、细度和强力等指标。同时，要适当发展一些彩棉等特殊用途的棉花品种。
