受到新型冠状病毒疫情影响，各省道路实施严格管控，疆内运输也受到限制，公路运输一度停滞，铁路运行维持平稳。2020年2月份出疆棉发运量环比减幅达65%，较上个月扩大45个百分点，占中国棉花信息网预测2019年新疆产量约505万吨的34.95%，较上个月仅提升2.51个百分点。其中，公路与铁路运输量同步下滑，但由于限行措施，公路降幅明显高于铁路。
2020年2月，出疆棉总计发运12.68万吨，环比减少23.67万吨。其中，通过公路发运0.55万吨，环比减少7.21万吨，同比减少5.06万吨，新疆专业仓储出疆棉通过铁路发运量总计12.13万吨，环比减少16.46万吨，同比增加2.21万吨。
公路方面，与1月运价相比，2月份出疆棉平均运价报价减少，部分路线运价涨跌不一。奎屯运至山东省平均运价649元/吨，较1月上涨44元/吨，奎屯运至河南省平均运价522元/吨，较1月下跌93元/吨;库尔勒、阿克苏为起点至内地省份的公路发运量较少，运价尚未形成主流价格，并不具有代表性。
铁路方面，2月份铁路运价现行优惠政策保持不变，60吨棚车运价下浮20%，70吨棚车下浮30%。在疫情期间，铁路运价一直保持着优惠价，且车皮充足，汽运由于道路管控无法出入，所以有运输需求的企业多以铁路为主。
