口腔是人体微生物定植生存的重要生态区，口腔微生物不仅有细菌，还包括真菌、病毒、螺旋体及古细菌等。口腔内环境稳态易受外界因素的干扰，口腔内部有多位点、多层次的微生物定植生态区，口腔环境的异质性较肠道更为明显。正常情况下口腔微生物群落之间、微生物与宿主之间密切且复杂的相互作用维持着宿主健康，这种生态平衡被打破将会引发疾病。口腔主要疾病如龋病、牙周病及口腔癌等严重影响人类的生命健康。
基于16S rDNA/18S rDNA基因，优化实验方法，增加对痕量微生物的研究，利用高通量测序技术(Roche 454，Illimina MiSeq 2*300、Ion Torrent PGM)来分析口腔微生物的多样性，得到对微生物多样性、群落结构、种系关系精确的解析，增加人们对口腔健康与疾病相关微生物的认识。
呼吸道微生物
定殖于呼吸道部的微生物与人体始终处于动态生态平衡，对于维持人体健康发挥着重要作用，也与多种上呼吸道疾病的发生发展有密切关系。呼吸道微生物之间及其与宿主之间的相互作用是引发人体上呼吸道疾病的重要因素。人体呼吸道的密度只有104−105细胞数/cm2。
基于16S rDNA/18S rDNA基因，优化实验方法，增加对痕量微生物的研究，利用高通量测序技术(Roche 454，Illimina MiSeq 2*300、Ion Torrent PGM)来分析呼吸道微生物的多样性，得到对微生物多样性、群落结构、种系关系精确的解析，增加人们对呼吸道健康与疾病相关微生物的认识。
