气相色谱质谱联用仪用于环保行业、电子行业、纺织品行业、石油化工、香精香料行业、医药行业、农业及食品安全等领域；环境中有机污染物分析；农残、兽残、药残分析；香精香料香气成分分析；纺织品行业中的有害物质检测。
无论是气相色谱或是质谱法各有长处和短处，GC/MS联用则能够使两者的优、缺点得到互补，充分发挥气相色谱法高分离效率和质谱法定性专属性的能力，兼有两者之长，因为解决问题能力更强，具有更大的优势。其特点如下：
1、气相色谱作为进样系统，将待测样品进行分离后直接导入了质谱进行检测，即满足了质谱分析对样品单一性的要求，还省去了样品制备、转移的繁琐过程，不仅避免了样品受污染，对于质谱进样量还能有效控制，也减少了质谱仪器的污染，*大的提高了对混合物的分离、定性、定量分析效率。
2、质谱作为检测器，检测的是离子质量，获得化合物的质谱图，解决了气息色谱定性的局限性，即使一种通用性检测器，优势选择性的检测器。因为质谱法的多种电离方式可使各种样品分子得到有效的电离，所有离子经质量分析器分离后均可以被检测，有广泛适用性。而且质谱的多种扫描港式和质量分析技术，可以有选择的只检测所需要的目标化合物的特征离子，而不检测不需要的质量离子，如此专一的选择性，不仅能排除基质和杂质峰的干扰，还*大地提高了检测灵敏度。在食品安全的有害物质残留分析中，由于GC/MS方法在选择性和灵敏度上的优势，而被作为*终确证方法。
3、联用的优势还体现在可获得更多信息。单独使用气相色谱只获得保留时间，强度两维信息，单独使用质谱也只获得质荷比和强度两维信息，而气相色谱-质谱联用可得到质量，保留时间、强度三维信息。增加一维信息意味着增强了解决问题的能力。化合物的质谱特征加上气象色谱保留时间双重定性信息，和单一定性分析方法比较，显然专属性更强。质谱特征相似的同分异构体，靠质谱图难以区分，而有色谱保留时间就不难鉴别了。
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