食物从农场到餐桌要经过多个环节，每一个环节都有众多的参与者。含有转基因成份的农产品品种多，数量大，尤其是含有转基因成份的食品，成份复杂，要分离基因作物和非基因作物困难重重，成本相当高。仅含少量比例的转基因成份，或核酸或蛋白质等待检测成份已被降解或破坏，都会加大检测难度。而对转基因成份的检测，必须准确、快速、灵敏、可靠。 食品转基因成份的检测关键问题是，食品中含有油、盐、糖和其他蛋白质，加工后的食品在DNA的抽提过程中，要保证其DNA的纯度，不受污染和降解。 我国应用新的检测方法，对部份进口农产品进行检测，从中检出转基因成份。利用生物芯片技术原理，适合口岸大样品量的检测，解决了转基因检测中样品核酸制备的难题，同时提高了样品检测自动化程度，提高了检测灵敏度和稳定性，降低了检测成本和时间。 在传统的生物实验室中用人工测定，速度较慢，测定十几个DNA片断的序列，约合4000个碱基对，至少需要一个工作日。用仪器检测，即PE3700-DNA序列分析仪及同类仪器，一个工作日可测定近2000个DNA序列，约合70万个碱基对。生物芯片的初级形式用于检测生物样品中基因表达谱的改变。有一种不成熟的生物芯片在15分种完成了1.6万个碱基对的测定，96个这样的生物芯片平行工作，就相当于每天1.47亿个碱基对的分析能力。 目前对转基因作物的检测取得了进展。通过对转基因成份所独有的DNA序列来提示基因表达谱。一种新方法能精确测试出深加工的食品中是否含有微量转基因大豆或玉米的成份以及配料中转基因成份的具体比例。据研究人员对一块面包进行的研究，发现其中含0.67%的豆粉成份，用新的方法进行进一步精确分析后，他们成功地发现这些微量豆粉中2%为转基因成份。
