微生物检测涵盖了有益跟有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保、饲料、等人们能触及的各个角落中。某些微生物对产品的污染，不仅影响到产品本身的质量，更严重的是它危及消费者的健康和安全。包括各类食品，药品，肥料，土壤等的成分分析。 微生物检测项目
使用选择培养基培养微生物或人为提供有利于目的菌株生长的条件。选择培养基，顾名思义其作用是允许特定种类的微生物生长，同时抑制或阻止其他微生物生长。例如，使用以尿素作为**氮源的培养基能够培养出可合成脲酶的微生物；在培养基中PH调至酸性有利于霉菌的生长繁殖（抑制细菌的生命活动）等。选择培养一般是通过观察微生物的同化作用类型或某一特征进行间接判断，得到的微生物往往并不只有一种，但是能够大致确定这些微生物存在的共有特征从而对其分类。
水质
菌落总数、大肠菌群、粪链球菌、铜绿假单胞菌、产气荚膜梭菌、溴酸盐、溴化物、霉菌和酵母、致病菌、军团菌等
食品、饮料、保健品
菌落总数、霉菌和酵母计数、大肠杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、大肠埃希氏菌、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、产气荚膜梭菌、蜡样芽胞杆菌等
一次性卫生用品、一次性医疗用品
细菌总数、大肠菌群、绿脓杆菌、金黄色葡萄球菌、溶血性球链菌、真菌菌落总数、真菌定性检测、杀菌性能、溶出性抗（抑）菌产品、抑菌性能等
药品、药品原料、辅料
微生物限度（大肠埃希菌、沙门氏菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、大肠菌群及梭菌）检查及方法验证、无菌检查及方法验证、细菌内毒素检查、培养基验证等
日化产品
菌落总数、粪大肠菌群、大肠菌群、大肠杆菌、绿脓杆菌、金黄色葡萄球菌、霉菌和酵母菌、沙门氏菌、芽孢菌总数、志贺氏菌、粪链球菌、蜡样芽孢菌
水产品、畜禽类产品、蛋类、动植物油脂等农产品
菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母菌、沙门氏菌、志贺氏菌、副溶血性弧菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、致泻大肠埃希氏菌、空肠弯曲菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、产气荚膜梭菌、肉毒梭菌、蜡样芽胞杆菌等
饲料、饲料原粮、添加剂、饲用酶制剂和宠物食品
有效活菌数：地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、乳酸乳杆菌等
工业制品及材料
抗菌性能、灭螨去螨测试、抗真菌测试、防霉性能测定、防蛀性能、抗藻性能等
肥料、土壤
菌落总数、各种有效活菌数、杂菌率、霉菌、粪大肠菌群、大肠菌群、芽孢杆菌数、蜡样芽胞杆菌、乳酸菌、双歧杆菌、光合细菌、固氮菌等
微生态制剂、益生菌
有效活菌数：地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、乳酸乳杆菌、植物乳杆菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、产朊假丝酵母等
菌种鉴定
常见细菌鉴定、常见霉菌鉴定、常见酵母菌鉴定、光合菌鉴定、放线菌鉴定
实时PCR快速检测
沙门氏菌、单核增生李斯特菌、大肠杆菌O157:H7/NM
抗菌性测试
塑料制品，陶瓷，其他抗菌材质
药典常规测试
USP 62，ChP
