基源鉴定又称来源鉴别，是应用动物、植物、矿物的分类学知识，对中药的来源进行鉴定研究，确定其正确的学名，以保证中药的品种准确无误。
基源鉴定的内容包括：原动植物的科名、动植物名、拉丁学名、药用部位；矿物药的类、族、矿石名或岩石名。以原植物鉴定为例，其步骤如下。
1.观察植物形态
对具有较完整植物体的检品，应注意观察根、茎、叶、花和果实等部位的特征，对花、果、孢子囊、子实体等繁殖器官应特别仔细，并做好记录。
2.核对文献
在核对文献时，**应查考植物分类方面的著作，如《中国植物志》、《中国高等植物图鉴》、《新华本草纲要》、《中国中药资源丛书》及有关的地区性植物志等；其次再査阅有关论述中药品种方面的著作，如《新编中药志》、《中药材品种论述》，必要时，还需进一步查对原始文献，以便正确鉴定。
3.核对标本
当初步鉴定出检品是什么科、属、种时，可以到相关标本馆核对已正确鉴定学名的该科标本核对。如有条件，能与模式标本（发表新种时所被描述的植物标本）进行核对，或寄请有关专家、植物分类研究单位协助鉴定。这会使鉴定结果更为准确。
除经典的分类方法外，近几十年来，随着植物化学、分子遗传学和分子生物学的发展，很多新的分类学如化学分类学、细胞分类学、数量分类学、DNA分子遗传标记技术等现代分类方法和技术均可用于中药的基源鉴定。
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