我国对于动物用药之核准登记及订定残留容许量，分别由农委会及卫福部依权责办理。动物用药残留标准之订定，系考量国内农牧渔业之需，并根据药品的动物毒理性资料、残留试验资料及国人饮食调查等资料，进行国人饮食所摄取残留药物之安全性评估及参酌国际规范后，送请「 食品卫生安全与营养咨议会」审查，并会商农委会。另为履行透明化义务，并依行政程序法及世界贸易组织「食品安全检验与动植物防疫检疫措施协定」，办理预告，广征各界意见后，订定各类产品之残留容许量。
另，卫福部食品药物管理署持续监测市售畜禽水产品之动物用药残留，如发现有违反动物用药残留标准规定者，属违反食品安全卫生管理法第15条第1项第5款规定，依同法第44条第1项第2款处新台币6万元以上2亿元以下罚锾，并由地方政府卫生局联合农业机关追查供应来源及残留原因，依法处办，让民众食的安心。
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