此次机构改革中，市场监管总局单设特殊食品安全监管司，是加强特殊食品安全监管的重要举措。特殊食品安全监管有两大目标。一是保障特殊食品安全有效，这是底线，没有食品安全就无法保障公众健康。二是推动产业持续健康发展。
周石平表示：“特殊食品安全监管还要把好三个关口。即注册关、监管关和整治关。” 把好注册关方面，一是建立健全注册制度。我们坚决依法行政，贯彻落实新修订的《 食品安全法》要求，制定完善保健食品、婴幼儿配方乳粉产品配方、特殊医学用途产品注册管理办法及配套制度，明确注册程序和要求，规定申请人应具备的研发能力、生产能力、检验能力等条件。
二是推进审批审评。在保证产品安全有效，质量可控的前提下，改革审评审批机制，简化特殊食品变更注册和延续注册程序。保健食品方面，实施注册备案双轨制，发布了**批保健食品原料和保健功能目录，构建“注册推进目录、目录规范备案、备案服务发展、发展促进健康”的监管新模式。逐步减少注册产品，扩大备案范围。双轨制实施以来，已备案保健食品1352件，注册保健食品824件。婴幼儿配方乳粉和特殊医学用途配方食品方面，坚持“三个原则”，“”“五个不得”，目前已批准企业155家婴幼儿配方乳粉产品配方1195个，10家企业特殊医学用途配方食品18个。
三是夯实基础性工作。实施验证评价技术机构备案管理。通过采取“机构自主备案，企业自主选择，政府依法监管”方式，充分调动社会资源参与验证评价。
四是加强沟通交流。通过企业座谈、走访调研等方式，建立行业企业沟通机制和国际组织以及国外政府机构的交流机制。
在把好监管关方面，周石平介绍，监管部门严格执行特殊食品生产经营许可相关规定，督促企业按照良好生产规范要求，建立生产质量管理体系。目前获得生产许可的保健食品生产企业2365家，婴幼儿配方乳粉生产企业113家，总局完成婴幼儿配方乳粉生产企业体系检查3年全覆盖目标。
把好整治关方面，围绕食品保健食品欺诈和虚假宣传突出问题，国务院食品安全办会同公安部等九部门于2017年7月，联合在全国范围内组织开展专项整治，整治对象涵盖食品、保健食品生产经营企业全过程全环节。面向社区、农村、校园进行主题宣传，强化释疑解惑，不断提升消费者辨假能力，营造理性消费的良好氛围。
周石平表示，下一步，监管部门将从注册、监管和共治三个方面持续发力，实现特殊食品安全有效和行业健康发展双赢。将持续推进特殊食品审批审评改革，进一步清晰界定保健食品范围，突出食品定位，聚焦产品安全性审查，加大原料和功能目录制定力度，逐步扩大产品备案范围。进一步做好婴幼儿配方乳粉配方审批审评，严守安全底线。进一步加快推进特殊医学用途配方食品注册工作，力争实现今年年底前，1岁以下特殊医学用途配方食品产品类别全覆盖的目标。
周石平要求，特殊食品生产经营企业应切实自觉地落实主体责任，国内国外各方强化交流合作，充分动员社会多元主体形成人人参与、人人尽力的特殊食品共治格局。
