建立稽查办案协作机制，是根据食品药品领域违法犯罪新形势，针对省、市、县三级食品药品稽查机构在案件查办中存在的协调欠佳、效率不高、层级之间指导联络不够、各机构横向交流缺乏、执法队伍专业化水平不高、各地之间执法裁量尺度不均、联合执法效果不佳等情况，适应稽查办案新时代要求，采取的一项重要举措，是基于日趋复杂的食品药品监管环境，聚焦稽查机构办案主业，加快形成全省协调、统一、高效的稽查办案一体化格局搭建的协作沟通平台，是稽查组织体系、平台体系和制度体系建设的一次大胆尝试。
该机制明确，全省省、市、县三级食品药品稽查机构为机制成员单位，各成员单位遵循依法客观、平等互助、优化资源、信息共享、联查联打、协调处置和高效有力的原则，对食品药品案件的调查取证、涉案物品控制与处理、证据资料互供、执法文书送达等，负有互相协同协助、配合的义务。各成员单位在查处重大复杂和跨区域案件时，可以在不同层级之间、不同区域之间开展合作，协同出拳；可以根据需要提请案情分析研判会商；基层稽查机构开展案件查办有困难的可以直接向省级稽查机构提出协调申请。该机制同时对协作流程及办理要求作出了具体规定。
该机制明确，省食品药品稽查局可以根据全省食品药品稽查办案协作开展情况和区域性办案协作需要，适时召开全省性或区域性食品药品稽查办案协作研讨会，研究共性问题，统一认识，统一同类案件的定性和处罚，实现对全省食品药品稽查工作动态的实时掌握，及时部署食品药品专项稽查工作，强化疑难复杂案件协调指导。
