此次督查采用听取汇报、核查资料、随机选点、明察暗访、实地检查等方式，了解实情，听取民意。督查工作坚持问题导向，求真务实，既全面了解各地在保障食品安全工作上所做出的努力、取得的成效、创造的经验，也发现了一些有待解决的问题和尚需补齐的短板。从督查情况看，地方党委政府高度重视食品安全工作，各部门工作力度加大，监管措施加强，食品安全保障水平明显提高，形势稳定向好。但食品安全仍然存在风险隐患，与人民群众的期待还存在差距，企业主体责任、部门监管责任、地方属地管理责任有待进一步落实，特别是食品安全基础薄弱、基层监管能力不足等问题需要引起高度重视并切实加以解决。就督查中发现的问题，督查组向各省（区、市人民政府进行了如实反馈，并提出了整改建议。
9月22日，国务院食品安全办主任、国家食品药品监管总局局长毕井泉主持召开督查工作总结会，各督查组组长、副组长和联络员参加会议。毕井泉要求，要巩固督查成果，对于督查中发现的问题，要督促各地有针对性地进行整改，举一反三，及时堵塞漏洞、补齐短板，切实防范于未然。毕井泉强调，党的十九大召开在即，“十一”“中秋”双节临近，要以这次督查为契机，以对人民群众高度负责的精神抓好食品安全工作，防止发生大的食品安全问题，为党的十九大胜利召开营造良好社会环境。
这次督查由国务院食品安全办、教育部、科技部、公安部、农业部、国家卫生计生委、质检总局、食品药品监管总局、国家粮食局等部门负责同志以及国务院食品安全委员会专家委员会的领导同志担任督查组组长，国家发展改革委、工业和信息化部、财政部、环境保护部、商务部等相关部门和地方食品安全办选派了精干力量参加，并邀请了全国人大代表、政协委员和有关专家、新闻媒体参与督查工作。
