根据办法，考核采取评分法，基准分为100分。考核结果分A、B、C三个等级。得分排在前2名的为A级，得分排在第3名及以后的为B级。但有这些情形之一的，考核等级为C级：对发生在本行政区域内的食品安全事故，未及时组织协调有关部门开展有效处置，造成严重不良影响或者重大损失的；对本行政区域内涉及多环节的区域性食品安全问题，未及时组织整治，造成严重不良影响或者重大损失的；县（区人民政府或其相关部门隐瞒、谎报、缓报食品安全事故的；本行政区域内发生重大及以上级别食品安全事故的。
对考核结果为C级的县（区政府，市食安委将委托市食安办会同相关部门约谈该县（区政府负责人，该县（区有关领导干部不得参加年度有关先进评奖、授予荣誉称号等；对连续两年考核结果排名*后的（县区政府，市食安委委托市食安办会同相关部门约谈该县（区政府负责人。
此外，根据办法，考核包括食品安全工作措施落实情况和食品安全状况两个方面，考核时间为每年1月1日至12月31日，考核方案及其细则由市食安办在每年7月底前组织相关部门和单位制定并发布。每年11月底前，市食安办将会同相关部门和单位组成考核组，依据考核方案及其细则对各县（区政府当年度食品安全工作完成情况进行实地检查，形成实地检查报告。实地检查采取听取汇报、核查资料、现场抽查、明察暗访等方式。
