《考核办法》规定，考核坚持目标导向、问题导向和结果导向，遵循客观公正、突出重点、奖惩分明、注重实效的原则，各设区的市人民政府和省食品药品安全委员会成员单位都是考核的对象。每年1月1日至12月31日为一个考核年度，考核采取评分法，基准分为100分。
按照规定，考核结果分A、B、C三个等级。得分排在前6名的为A级，得分排在第7名及以后的为B级。
倘若有下列四种情形之一的，考核等级为C级：对发生在本行政区域内的食品药品安全事故，未及时组织协调有关部门开展有效处置，造成严重不良影响或者重大损失；对本行政区域内涉及多环节的区域性食品药品安全问题，未及时组织整治，造成严重不良影响或者重大损失；市人民政府或其相关部门隐瞒、谎报、缓报食品药品安全事故；本行政区域内发生特别重大食品药品安全事故，或者连续发生重大食品药品安全事故。被评定为C级，将面临相应的处罚。省食品药品安全委员会委托省食品药品安全委员会办公室会同相关部门约谈该市人民政府有关负责人，必要时由省政府领导同志约谈该市人民政府主要负责人，被约谈的市有关领导干部不得参加年度评奖、授予荣誉称号等。评议考核中发现需要问责的问题线索，将移交纪检监察机关。
《考核办法》称，对考核结果为A级的市人民政府、考核结果为优秀的省食品药品安全委员会成员单位，由省食品药品安全委员会予以通报表扬。对在食品药品安全工作中作出突出贡献的单位和个人，按照国家和省有关规定给予表彰、奖励。
